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加拿大阿爾伯塔大學(xué)生物學(xué)家今年發(fā)明環(huán)狀DNA測(cè)序工具面世
2020-05-19 13:59:20來(lái)源: 科技日?qǐng)?bào)

據(jù)物理學(xué)家組織網(wǎng)5月14日?qǐng)?bào)道,加拿大阿爾伯塔大學(xué)生物學(xué)家發(fā)明了一種新工具,可對(duì)環(huán)狀DNA進(jìn)行測(cè)序,這將為科學(xué)家提供更豐富、更準(zhǔn)確的數(shù)據(jù),有望促進(jìn)針對(duì)病毒、農(nóng)業(yè)甚至癌癥的研究。

這一工具名為“CIDER-Seq”,它使用了被稱為“PacBio”的DNA測(cè)序技術(shù),研究人員目前已將其發(fā)表在網(wǎng)絡(luò)上,供其他科學(xué)家分析DNA序列。

研究主要作者、博士后研究員德文·梅塔說(shuō):“借助CIDER-Seq,我們可以了解神秘的環(huán)狀DNA在人和植物細(xì)胞中的功能。”

研究人員解釋稱,環(huán)狀DNA在細(xì)菌和病毒的基因組中很常見,最近,科學(xué)家又在人和植物細(xì)胞的核內(nèi)發(fā)現(xiàn)了環(huán)狀DNA,并將其稱為染色體外環(huán)狀DNA(eccDNA)。這種鮮為人知的環(huán)狀DNA也常出現(xiàn)在癌細(xì)胞中,甚至可能與其快速繁殖的能力有關(guān)。

研究人員此前已開始著手調(diào)查eccDNA在癌癥中的作用,但由于缺乏有效的研究和測(cè)序方法,此類研究進(jìn)展緩慢。

梅塔說(shuō):“鑒于此,我們?cè)O(shè)計(jì)了一種新的分子生物學(xué)方法和新的生物信息學(xué)算法,以最終獲得eccDNA的完整序列。我們的方法能對(duì)這些分子進(jìn)行完整測(cè)序,并為我們和其他研究人員提供一種新工具,可以更好地了解它們?cè)诩?xì)胞中的實(shí)際作用。”

梅塔指出,新工具可能對(duì)農(nóng)業(yè)科學(xué)家特別有用,因?yàn)樵S多農(nóng)作物感染的病毒都擁有環(huán)狀DNA。他舉例說(shuō):“在肯尼亞的一次田間試驗(yàn)中,我們使用CIDER-Seq的早期版本,幫助研究了經(jīng)過(guò)基因工程改造的農(nóng)作物在對(duì)抗環(huán)狀DNA病毒方面的有效性。”(劉霞)

關(guān)鍵詞: 阿爾伯塔大學(xué) 環(huán)狀DNA測(cè)序工具

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